Kekalahan itu membuat Bosnia turun ke peringkat keempat klasemen dengan koleksi tujuh poin dan langkah mereka menuju putaran final kian sulit meski masih punya empat pertandingan yang belum dijalani.
"Saya datang dengan target meloloskan Bosnia ke Piala Eropa 2020," kata Prosinecki selepas pertandingan dilansir laman resmi UEFA.
"Peluang kami tidak sepenuhnya habis, namun saya merasa bertanggung jawab dan memutuskan mundur," ujarnya menambahkan.
Pelatih asal Kroasia itu juga mengaku sudah menyampaikan keputusannya secara langsung kepada Presiden Asosiasi Sepak Bola Bosnia-Herzegovina (N/FSBiH) Elvedin Begic.
Prosinecki mengambil alih tampuk kepemimpinan di Bosnia sejak 28 Januari 2018 dan sejak itu telah mendampingi The Dragons tampil dalam 18 pertandingan resmi namun hanya memenangi tujuh di antaranya.
Di bawah arahan Prosinecki Bosnia berhasil meraih tiket promosi dalam kompetisi UEFA Nations League dari Divisi B ke Divisi A.
Hasil itu sekaligus memberikan Bosnia setidaknya memperoleh satu tiket babak playoff menuju putaran final Piala Eropa 2020.
Pun demikian, Prosinecki tetap menanggalkan jabatannya dari mendampingi Edin Dzeko cs.
